Fitter

 
Fitter = class Fitter(BaseFitter)
    Fitter(xdata, model, map=False, keep=None, fixedScale=None)
 
Fitter for linear models.
 
The Fitter class is to be used in conjunction with Model classes.
 
The Fitter class and its descendants fit data to a model. Fitter itself
is the variant for linear models, ie. models linear in its parameters.
 
Examples
--------
# assume x and y are numpy.asarray data arrays:
>>> x = numpy.arange( 100 )
>>> y = numpy.arange( 100 ) // 4        # digitization noise
>>> poly = PolynomialModel( 1 )         # line
>>> fitter = Fitter( x, poly )
>>> param = fitter.fit( y )
>>> stdev = fitter.stdevs               # stdevs on the parameters
>>> chisq = fitter.chisq
>>> scale = fitter.scale                # noise scale
>>> yfit  = fitter.getResult( )         # fitted values
>>> yfit  = poly( x )                   # same as previous
>>> yband = fitter.monteCarloError( )        # 1 sigma confidence region
 
 
Limitations
-----------
1. The Fitter does not work with limits.
2. The calculation of the evidence is an Gaussian approximation which is
   only exact for linear models with a fixed scale.
 
Author  Do Kester
 
 
Method resolution order:
Fitter
BaseFitter
builtins.object
Constructor:
Fitter( xdata, model, map=False, keep=None, fixedScale=None )
Create a new Fitter, providing xdatas and model.
 
A Fitter class is defined by its model and the input vector (the
independent variable). When a fit to another model and/or another
input vector is needed a new object should be created.
 
Parameters
----------
xdata : array_like
    array of independent input values
model : Model
    the model function to be fitted
map : bool (False)
    When true, the xdata should be interpreted as a map.
    The fitting is done on the pixel indices of the map,
    using ImageAssistant
keep : dict of {int:float}
    dictionary of indices (int) to be kept at a fixed value (float)
    The values of keep will be used by the Fitter as long as the Fitter exists.
    See also `fit( ..., keep=dict )`
fixedScale : float
    the fixed noise scale
Methods defined here:
fit( ydata, weights=None, accuracy=None, keep=None, plot=False )
Return model parameters fitted to the data, including weights.
 
For Linear models the matrix equation
 
    H * p = β
 
is solved for p. H is the Hessian matrix ( D * w * D^T )
and β is the inproduct of the data with the D, design matrix.
 
    β = y * w * D^T
 
Parameters
----------
ydata : array_like
    the data vector to be fitted
weights : array_like
    weights pertaining to the data ( = 1.0 / sigma^2 )
accuracy : float or array_like
    accuracy of (individual) data
keep : dict of {int:float}
    dictionary of indices (int) to be kept at a fixed value (float)
    The values will override those at initialization.
    They are only used in this call of fit.
plot : bool
    Plot the results
 
Raises
------
    ValueError when ydata or weights contain a NaN
Methods inherited from BaseFitter: